Magento

Indexed columns must be NOT NULL

При использовании JOIN в таблицах где количество рядов более чем 1000, с NULL колоннами могут возникнуть трудности по использованию индексов.
Число 1000 это какое то магическое число после которого ДБ начинает во всю использовать индексы.
Например SKU инициализированна как NULL. Понятно что за этим следует объяснение: так сделано для Duplicate продукта. После Duplicate он естественно пуст.
Предлагаю заполнить ну вот так например: “-- FIX MY SKU --” . uniqid ($id); после того как SKU в таблице будет NOT NULL

p.s. Сам не тестировал. Ну нет у меня столько данных. Я бы с удовольствием протестировал с 1000000 данными. Так что приходится искать в слепую.