necesito saber cual es la consulta mysql correcta o el metodo utilizado para saber cuantos productos hay online en una respectiva tiendo, por ejemplo para que quede asi por ejemplo.
Creo que deberías hacer una consulta a la tabla catalog_product_entity.
Igual, y ahora no lo receurdo, habría que controlar que haya stock de esos prodcutos y que estén disponibles. Pero en esa tabla podés comenzar a revisar.
Por otra parte, no sería un sql directo (si bien hay formas de hacerlo), tendrías qeu utilizar una colección de la aplicación.
No he hecho ese querie, pero si construí módulos de 0, usando tablas propias o de la aplicación, y me consta que se puede hacer.